香港历史博物馆与毗邻的香港科学馆相互协调，形成一个博物馆楼群。「香港故事」常设展，规划八个展区，透过立体造景、全景荧幕、多媒体剧场，配合情景式的展示手法，从四亿年前的泥盆纪开始，以1997年香港回归中国作结，介绍香港的自然生态、民间风俗及历史发展。