始建于南齐永明七年(489年)。最初称栖霞精舍，唐时改名功德寺，五代十国时改为妙因寺，宋代又改名为普云寺、栖霞寺、崇报寺、虎穴寺。明洪武五年(1372年)复称栖霞寺。清朝末年，太平天国与清兵作战时，栖霞寺毁于战火。1919年重建。