黄岩岛四周为距水面0.5米到3米之间的环形礁盘，礁盘周缘长55公里，面积150平方公里，礁盘外形呈等腰直角三角形，其内部形成一个面积为130平方公里、水深为10~20米的潟湖。黄岩岛发育在3500米深的海盆上，是深海平原上的一座巨大的海底山峰露出水面的部分。黄岩岛潟湖东南端有一个宽400米的通道与外海相连，这条水道水深9~11米，宽360~400米，中型渔船和小型舰艇可由此进入，从事渔业或避风。